2016年交通运输、仓储和邮政业实现增加值25.25亿元，比上年增长6.3%。年末全市公路通车里程15825公里（其中高速公路368.9公里），比上年增加30公里。全年客运量3223万人，下降2.0%，旅客运输周转量36.22亿人公里，下降5.8%；货运量6203万吨，下降4.7%，货物运输周转量81.57亿吨公里，下降6.8%。
铁路
河源市是京九铁路进入广东省的第一座城市，又是广东省拥有铁路最长的市；铁路有京九铁路、广梅汕铁路。
规划中的赣深高铁（京九客运专线）在境内设有河源东站、和平东站、龙川西站、东源站
公路
国道有205国道、105国道贯通本市，开通高速公路分别有广河高速公路（S2）、惠河高速公路（G35）、粤赣高速公路（G4511）、梅河高速公路（G35）汕湛高速公路（S14）、大广高速公路（G45）等，在建高速有汕昆高速公路（G78）和河惠莞高速公路（G25）和武深高速公路（G4E）和河源东环高速公路和河惠汕高速公路等。
水运
新丰江贯通东西，东江贯通南北并两江在市区交汇，其中东江水运上至龙川，下通惠州、东莞、广州。
机场
白云国际机场河源城市候机楼于2012年12月28日正式开通。